Σύμφωνα με εγκύκλιο της ΓΓΔΕ στις οργανικές θέσεις της Γενικής Γραμματείας προστίθενται 500 νέες, οι οποίες θα καλυφθούν από προσωπικό που υπηρετεί στο ΣΔΟΕ. Ειδικότερα, εξ αυτών οι 350 θα είναι έμπειροι ή πιστοποιημένοι ελεγκτές και 150 θα είναι υπάλληλοι του Σώματος.
Με διαπιστωτικές πράξεις του υπουργού Οικονομικών που θα εκδοθούν μέχρι την ίδια ημερομηνία θα μεταφερθούν από το ΣΔΟΕ η υλικοτεχνική υποδομή, καθώς και τα φυσικά και μαγνητικά αρχεία των υποθέσεων που εκκρεμούν στα δικαστήρια και των υποθέσεων που θα μεταφερθούν στη Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων και αφορούν αρμοδιότητες φορολογικών και τελωνειακών θεμάτων, καθώς και οι απαραίτητες πιστώσεις, που αναλογούν για την κάλυψη των μεταβιβαζόμενων στη ΓΓΔΕ αρμοδιοτήτων.
Ακόμη, με αποφάσεις του υπουργού Οικονομικών καθορίζονται οι λεπτομέρειες και κάθε διαδικαστικό ζήτημα για τη μεταφορά των 3.500 υποθέσεων που ελέγχονται από την Ειδική Γραμματεία του ΣΔΟΕ στη Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων.
Η αντιμετώπιση των υπολοίπων υποθέσεων, που θα παραμείνουν στο ΣΔΟΕ θα καθορισθεί με νομοθετική ρύθμιση μέχρι τις 30 Οκτωβρίου 2015.