Ο κ. Αγαθάκης αποφοίτησε από τη Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου το 1991 και έλαβε μεταπτυχιακό τίτλο Master of Business Administration (MBA) από το University of Dundee, Ηνωμένο Βασίλειο, το 1992.
Διαθέτει 20ετή εμπειρία στο χώρο των τηλεπικοινωνιών, κατέχοντας διοικητικές θέσεις ενισχυμένης ευθύνης στη Vodafone και συγκεκριμένα στον τομέα των προμηθειών και εφοδιαστικής αλυσίδας.