Η διαδικασία αξιολόγησης καθορίζεται με απόφαση που εξέδωσε πρόσφατα ο αναπληρωτής υπουργός Οικονομικών Τρύφων Αλεξιάδης. Σύμφωνα με τη διαδικασία αυτή, κάθε υπόθεση θα βαθμολογείται από τον τελευταίο ελεγκτή-χειριστή της με 1 εφόσον κρίνεται ως «μικρού ενδιαφέροντος» ή με 2 εφόσον χαρακτηρίζεται «σημαντική» ή με 3 εφόσον θεωρείται «εξόχως σημαντική» ή με 4 εφόσον αξιολογείται ως «ειδικού χειρισμού» και διαπιστώνεται ότι απαιτείται η άμεση ενημέρωση του Οικονομικού Εισαγγελέα.
Σύμφωνα εξάλλου με την απόφαση του κ. Αλεξιάδη:
- Η παραπάνω κλίμακα αξιολόγησης θα λαμβάνεται υπόψη από τις υπηρεσίες της Γ.Γ.Δ.Ε. στις οποίες θα μεταφέρονται οι υποθέσεις, χωρίς όμως να είναι δεσμευτική κατά τη διαδικασία προτεραιοποίησης των υποθέσεων προς έλεγχο.
- Για τους ελεγκτές που η οργανική τους θέση παραμένει στο Σ.Δ.Ο.Ε., η καταγραφή του βαθμού αξιολόγησης θα γίνει στο απογραφικό δελτίο και πριν την μεταφορά των υποθέσεων, ενώ για τους ελεγκτές που η οργανική τους θέση έχει μεταφερθεί στην Γ.Γ.Δ.Ε., η διαδικασία αξιολόγησης και συμπλήρωσης της καταγραφής θα γίνει μετά την μεταφορά των υποθέσεων στην Γ.Γ.Δ.Ε. και με διαδικασία που θα ορισθεί από τη Γ.Γ.Δ.Ε.
- Για την επίλυση ειδικών θεμάτων και την παρακολούθηση της προόδου μεταφοράς των 36.000 υποθέσεων από το Σ.Δ.Ο.Ε. στη Γ.Γ.Δ.Ε. συγκροτείται στο υπουργείο Οικονομικών εξαμελής ομάδα εργασίας. Έργο της Ομάδας Εργασίας θα είναι, ειδικότερα, ο συντονισμός των συναρμόδιων υπηρεσιών για την ταχεία, ομαλή και ασφαλή μεταφορά των υποθέσεων, η παρακολούθηση της προόδου και η υποβοήθηση της διαδικασίας μεταφοράς των υποθέσεων, ο εντοπισμός προβλημάτων, η επίλυση ειδικών θεμάτων και η υποβολή προτάσεων προς τις αρμόδιες υπηρεσίες για την επίλυσή τους.